毛文龙被斩，其中也只有一条“通夷有迹”也是崇祯在圣旨上写的。
直到民国年间才有人从《满文老档》中，挖出来的【通夷有迹】。
《满文老档》第十一册 天聪二年，
“三月二十五日来书云：王副将告汗曰：我王子登尽忠将事，谁知对二处均无利益。我诚天地间无用之人也。伏思汗以执阔科送北京之故，今我虽有善言，亦不能见信。毛都督又责我曰：尔言汗宽仁厚德，尊贤敬智，为人和善等。乃信谗言，始行此事，不能增进亲善，反令所遣诸申，扰害地方，复以大言欺我。此皆王副将之不善所致等语。我两头为难，不知所措也。汗止知马通事之见杀及送阔科往北京，不知其实事，皆由彼二人之过所致矣。马通事来时，於途遇六、七人逃来，不思已为前来议和，便射死一人，斩杀一人，馀众败走，登山得免。及马通事至岛之次日，败走之逃人来岛，在毛文龙之衙门遇见马通事，彼等言尔非途中杀我之诸申乎？遂擒之，往告毛文龙。毛文龙反打逃人，责问诸申地方之事，何告於我等语。遂不询问，逐出之。其人至黄户部门前喊冤。遂擒马通事以去。因马通事嫉妒阔科，任意妄言。毛文龙知其言不善，故杀之，并将阔科送往帝京。汗乃天生豪杰，何不计此小事，不可事急而隐匿之。为箝制众人之口，不使明帝生疑，遂将阔科送往帝京，以便再行和好之事。谁知阔科与黄户部到北京後，告知毛文龙与汗礼上往来不断等语。科道各员闻之，俱奏书称，毛文龙欲亲敌国，设计谋叛，事已属实，至今尚未议毕等语。”
《闽中理学渊源考》卷76《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事，朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载。召修实录”。就是因为他反对诛毛文龙，直接被假归三年。
崇祯元年七月，袁崇焕进京面圣，当时“朝议忧毛文龙难驭。”——（《崇祯实录》卷1）
“毛文龙悬据海上，靡饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍！”
——明·崇祯帝圣旨，《明清史料》甲编册8，原件藏台北中研院。
“岛帅毛文龙悬军海上，开镇有年，动以‘牵制’为名，案验全无事实！剿降献捷，欺诳朝廷；器甲刍粮，蠹耗军国。屡捧移镇明旨，肆慢罔闻；奏进招降伪书，辞旨骄悖。现且刚愎自用。胆势滋长，弹劾口口，节制不受，近乃布署夷汉多兵，泛舟进登，声言索饷，雄行跋扈，显著逆形！” ——明·崇祯帝圣旨，《崇祯长编》卷23。
崇祯二年六月十八日，奉圣旨：毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，【且通夷有迹】，犄角无资，掣肘贫碍。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照勒谕行，仍听相机行。 ——《崇祯长编》
《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖七年八月八日：
兵部咨: "奉聖諭: ‘朕以東事, 付督師袁崇煥, 固圉恢疆, 控御掎角, 一切閫外軍機, 聽以便宜從事。 島帥毛文龍, 懸軍海上, 開鎭有年,動以牽制爲名,案驗, 全無事實。 勦降獻捷, 欺誑朝廷, 器甲、芻糧, 蠧耗軍國。 屢捧移鎭明旨, 肆慢因聞。 奏進招降僞書, 辭旨驕悖, 而且剛愎自用, 膽勢滋長, 彈劾炰烋, 節制不受。 近乃部署夷、漢多兵, 汎舟進登, 聲言索餉, 雄行跋扈, 顯著逆形。崇煥目擊危機, 躬親正法, 據奏責數十二罪狀, 死當厥辜。 大將重辟先聞, 自是行軍紀律, 此則決策弭變, 機事猝圖。 原不中制, 具疏待罪, 已奉明綸, 仍着安心任事, 一切善後事宜, 委任道將料理。 仍先大書榜示, 曉諭東江各島。 元惡旣正典刑, 逆節尙未及發, 姑從寬議, 家屬子弟, 在島、在籍, 悉放, 寧家冒姓, 査照歸宗, 倂親暱用事諸人, 咸從赦宥。將領量才授任, 洗滌維新; 軍士淸伍, 給糧勿致飢困; 久囚勞苦, 願除名者聽;遼民丁壯, 收伍給糧; 老弱西歸, 量資濟渡。朝鮮聲援相聯, 亦與移諭, 其餘部署兵將, 區畫營伍, 未畫事務, 悉聽督師, 相機措置。 向聞文龍, 行賂廣交, 中外呼應, 傳布流言, 疑惑人心。 乃今事跡章明, 疑機可釋。 除在京潛黨, 敺遣緝拿外, 軍中、島中, 嚴加禁戢, 一體申明。 該部便馬上差官, 傳與督師、道將等官, 通知告諭。’ 欽此欽遵外, 幷移文朝鮮國, 一體欽遵施行。"
